Sumber daya manusia merupakan elemen utama yang menentukan keberlangsungan suatu organisasi. Keberadaannya menggerakkan dan menghidupkan organisasi. Kondisi sumber daya manusia yang ada pada suatu organisasi menentukan maju dan mundurnya organisasi tersebut.
Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Padang Sidempuan sebagai suatu instansi vertikal dibawah Direktorat Jenderal Perbendaharaan memiliki sumber daya manusia yang memadai untuk menjalankan tugas pokok dan fungsi sebagai Kuasa Bendahara Umum Negara, keseluruhan pegawainya pada semua tingkatan pangkat dan eselon berjumlah 21 pegawai termasuk 1 orang kepala kantor. Keseluruhan sumber daya tersebut tersebar pada 5 seksi pada KPPN Padang Sidempuan. Jumlah pegawai per seksi tergambar dalam grafik sebagai berikut :
