KPPN Sanggau pada awalnya dibentuk dengan nama Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN). Dengan diundangkannya Undang-undang Nomor 17 tahun 2003 dan Undang-undang Nomor 1 Tahun 2004, seiring dengan reorganisasi Departemen Keuangan, maka berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor: KEP-303/KMK.01/2004 KPKN berubah menjadi KPPN yang merupakan instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan.