KPPN Yogyakarta pada awalnya dibentuk dengan nama Kantor Bendahara Negara (KBN). Setelah itu berganti nama menjadi Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) dan Kantor Kas Negara (KKN) pada tahun 1982. Selanjutnya pada tahun 1990 satuan kerja tersebut diintegrasikan menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN)