Sesuai  Peraturan Menteri Keuangan Nomor : 262/PMK.01/2016 tanggal 30 Desember 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) terdiri dari 5 (lima) tipe sebagai berikut:

1. Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Tipe A1 ;
2. Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Tipe A2 ;
3. Kantor· Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Khusus Pinjaman dan Hibah;
4. Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Khusus Penerimaan; dan
5. Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Khusus Investasi.

KPPN Yogyakarta merupakah salah satu KPPN Tipe A1 Provinsi yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan (DJPb) Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. 

Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Tipe A1 mempunyai tugas "melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan Bendahara Umum Negara (BUN) , penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan".

Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Yogyakarta sebagai KPPN Tipe A1 menyelenggarakan fungsi :

1. pengujian terhadap surat perintah pembayaran berdasarkan peraturan perundang-undangan;
2. penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D) dari kas negara atas nama Menteri Keuangan selaku Bendahara Umum Negara (BUN);
3. penyaluran pembiayaan atas beban Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN);
4. penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara melalui dan dari Kas Negara;
5. penyusunan laporan pelaksanaan anggaran pendapatan dan belanja negara;
6. pelaksanaan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi serta pertanggungjawaban bendahara;
7. pembinaan dan pelaksanaan monitoring dan evaluasi Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP) ;
8. pelaksanaan tugas kepatuhan internal;
9. pelaksanaan manajemen mutu layanan;
10. pelaksanaan manajemen hubungan pengguna layanan (Customer Relationship Management);
11. pelaksanaan tugas dan penyusunan laporan Pembina Pengelola Perbendaharaan (Treasury ManagementRepresentative);
12. pelaksanaan dukungan penyelenggaraan sertifikasi bendahara;
13. pengelolaan rencana penarikan dana;
14. pengelolaan rekening pemerintah;
15. pelaksanaan fasilitasi Kerj asama Ekonomi dan Keuangan Daerah;
16. pelaksanaan layanan bantuan (helpdesk) penerimaan negara;
17. pelaksanaan sistem akuntabilitas dan kinerja;
18. pelaksanaan monitoring dan evaluasi Kredit Program;
19. pelaksanaan Kehumasan dan layanan Keterbukaan Informasi Publik (KIP) ; dan
20. pelaksanaan administrasi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN).

Tugas pokok dan fungsi unit eselon IV di KPPN Yogyakarta:

1. Seksi Pencairan Dana pasca penerapan proses bisnis baru akan mempunyai tugas :
   1. melakukan pengujian resume tagihan dan Surat Perintah Membayar (SPM),
   2. engujian Surat Perintah Pengesahan Pendapatan dan Belanja Badan Layanan Umum (SP3B-BLU),
   3. penerbitan Surat Tanggapan Koreksi,
   4. melakukan pengelolaan data kontrak, data pemasok (supplier), dan belanja pegawai satuan kerja,
   5. melakukan pengesahan hibah langsung dalam bentuk uang,
   6. melakukan monitoring dan evaluasi penyerapan anggaran satuan kerja.
2. Seksi Bank mempunyai tugas :
   1. melakukan penyelesaian transaksi pencairan dana,
   2. penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D),
   3. fungsi pengelolaan kas (cash management),
   4. penerbitan Daftar Tagihan,
   5. pengelolaan rekening pemerintah,
   6. penatausahaan penenmaan negara,
   7. penyelesaian retur,
   8. pengujian permintaan pengembalian penerimaan negara,
   9. konfirmasi dan koreksi data transaksi penerimaan,
   10. fungsi layanan bantuan (helpdesk) penerimaan negara,
   11. monitoring dan evaluasi bank/ pos persepsi,
   12. pengelolaan dokumen sumber dan analisis data Penerimaan Fihak Ketiga (PFK),
   13. pembinaan dan pelaksanaan monitoring dan evaluasi Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP)
   14. supervisi implementasi sistem pengelolaan kas (Cash Management System) pada rekening bendahara,
   15. monitoring dan evaluasi kredit program.
3. Seksi Verifikasi dan Akuntansi mempunyai tugas :
   1. melakukan verifikasi dokumen pembayaran,
   2. rekonsiliasi data laporan keuangan,
   3. penyusunan Laporan Keuangan Kuasa Bendahara Umum Negara (BUN) tingkat Unit Akuntansi Kuasa Bendahara Umum Negara (UAKBUN)-Daerah,
   4. pelaporan realisasi dan analisis kinerja anggaran,
   5. pembinaan pertanggungjawaban bendahara,
   6. rekonsiliasi data rekening pemerintah,
   7. penyusunan laporan saldo rekening pemerintah,
   8. pencatatan pengesahan hibah langsung dalam bentuk barang,
   9. penerbitan dokumen pengembalian penerimaan.
4. Seksi Manajemen Satuan Kerja dan Kepatuhan Internal mempunyai tugas :
   1. melakukan pembinaan dan bimbingan teknis pengelolaan perbendaharaan,
   2. supervisi teknis Sistem Perbendaharaan dan Anggaran Negara (SPAN) dan Sistem Aplikasi Keuangan Tingkat Instansi (SAKTI),
   3. asistensi teknologi informasi dan komunikasi eksternal,
   4. melakukan penyelenggaraan fungsi manaJemen hubungan pengguna layanan (customer relationship management),
   5. melakukan pelaksanaan tugas Pembina Pengelola Perbendaharaan (treasury management representative),
   6. pengelolaan layanan perbendaharaan dan rencana penarikan dana
   7. melakukan pemantauan pengendalian intern, pengelolaan risiko, pengaduan, kepatuhan terhadap kode etik dan disiplin, dan tindak lanjut hasil pemeriksaan,
   8. melakukan perumusan rekomendasi perbaikan proses bisnis,
   9. koordinasi penyelenggaraan manajemen mutu layanan,
   10. fasilitasi sertifikasi bendahara,
   11. fasilitasi kerjasama dengan pemerintah daerah dan pihak lainnya
   12. monitoring penenmaan dana transfer,
   13. koordinasi pemberian keterangan saksi/ahli keuangan negara,
   14. pelaksanaan program Wilayah Bebas dari Korupsi/Wilayah Birokrasi Bersih Melayani (WBK/WBBM)
5. Subbagian Umum sebagai supporting unit mempunyai tugas :
   1. melakukan pengelolaan organisasi, kinerja, Sumber Daya Manusia (SDM) dan keuangan,
   2. melakukan penatausahaan akun pengguna (user) Sistem Perbendaharaan dan Anggaran Negara (SPAN) dan Sistem Aplikasi Keuangan Tingkat Instansi (SAKTI),
   3. melakukan penyusunan bahan masukan dan konsep Rencana Strategis, Rencana Kerja, Rencana Kinerja Tahunan (RKT),
   4. Penetapan Kinerja (PK), Laporan Kinerja (LAKIN) Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN),
   5. melakukan urusan tata usaha,
   6. pengelolaan rumah tangga,
   7. melakukan penyusunan dan pelaporan beban kerja,
   8. implementasi budaya organisasi
   9. melakukan urusan kehumasan dan layanan Keterbukaan Informasi Publik (KIP)