Sejalan dengan tugas KPPN Yogyakarta yaitu memberikan pelayanan dan pembinaan teknis serta administratif kepada semua unsur instansi/satker di Wilayah Yogyakarta, maka KPPN Yogyakarta  menetapkan visi, misi, motto dan janji layanan.

Visi KPPN Yogyakarta:

"Menjadi pengelola perbendaharaan negara di daerah yang profesional, modern, transparan dan akuntabel"

Misi KPPN Yogyakarta:

1. Mewujudkan pengelolaan kas yang efisien dan optimal;

2. Mendukung kinerja pelaksanaan anggaran yang tepat waktu, efektif dan akuntabel;

3. Mewujudkan akuntansi dan pelaporan keuangan negara yang akuntabel, transparan dan tepat waktu.

Motto KPPN Yogyakarta:

"Kepuasan Mitra, Komitmen Kami"