Dalam rangka mendekatkan pelayanan KPPN ke satuan kerja yang lokasinya terpencil dengan kondisi transportasi yang sulit, Kanwil Ditjen Perbendaharaan Prov.

Papua Barat telah membuka 2 KPPN Filial di Kab. Teluk Bintuni dan Kab. Teluk Wondama. KPPN Filial yang merupakan bagian pelayanan dari KPPN Manokwari tersebut beroperasi selama 2 minggu pada setiap awal bulan, sehingga Satker dapat memanfaatkan layanan filial tersebut untuk menyampaikan SPM. Ke depan, layanan filial KPPN akan diperluas, tidak hanya memproses pencairan dana, melainkan juga pengajuan rekonsiliasi Laporan Keuangan UAKPA, Revisi Anggaran, dan Pembinaan/Bimtek kepada Satuan Kerja tentang berbagai hal terkait perencanaan, pelaksanaan, dan pertanggungjawaban anggaran.

KPPN Filial Kab. Teluk Bintuni berada di Kab. Teluk Bintuni dengan jarak sekitar 600 km dari Kab. Manokwari dengan kondisi jalan masih banyak yang rusak (off road), sehingga untuk menuju ke sana melalui darat harus menggunakan kendaraan doubel gardan selama lebih kurang 8 jam non stop, dengan harga tiket reguler (non borongan) sebesar Rp500 ribu per orang sekali jalan. Sulitnya medan dan jauhnya lokasi dari Kab. Teluk Bintuni menuju Manokwari tersebut memaksa satuan kerja untuk bermalam di Manokwari apabila mengajukan pencairan dana. Moda transportasi lain yang bisa digunakan ke Kab. Teluk Bintuni dari Kab. Manokwari adalah dengan menggunakan pesawat kecil berkapasitas penumpang 12 orang. Dengan menggunakan pesawat, perjalanan ke Kab. Teluk Bintuni dapat dihemat selama 7 jam, namun penumpang harus merogoh kocek dalam-dalam, yaitu sebesar Rp1,5 juta - Rp2 juta. Atas dasar pertimbangan sulit dan jauhnya lokasi Kab. Teluk Bintuni inilah, akhirnya diusulkan untuk dibuka KPPN Filial yang sekarang sudah beroperasi selama 3 bulan. Dengan dioperasikannya KPPN Filial Teluk Bintuni tersebut, diharapkan sekitar 30 Satker di sana dapat lebih meningkatkan kinerja pelaksanaan anggarannya dan dapat mendorong percepatan pembangunan di Kab. Teluk Bintuni.

Tidak jauh berbeda dengan Kab. Teluk Bintuni, Kab. Teluk Wondama juga merupakan satu daerah di Prov. papua Barat yang sulit diakses, karena hanya dapat ditempuh menggunakan kapal laut dan pesawat udara. Perjalanan via laut menuju Kab. Teluk Wondama ditempuh selama 1 malam (12 jam) dengan menggunakan kapal besar, dengan harga tiket dan sewa kamar di dalam kapal sebesar Rp500 ribu. Selain kapal reguler, perjalanan ke Kab. Teluk Wondama dari Kab. Manokwari dapat menggunakan kapal cepat dengan frekuensi 3x seminggu dengan masa tempuh selama 5 jam. Harga tiket kapal cepat sama dengan kapal reguler, yaitu sebesar Rp500 ribu per orang untuk kelas VIP dengan fasilitas karaoke dan ruangan full AC. Alternatif transportasi lain menuju Kab. Teluk Wondama adalah dengan menggunakan pesawat udara dengan lama tempuh 1 jam dan harga tiket sekitar Rp1,6 juta - Rp2 juta sekali jalan. Kondisi tersebut biasanya disiasati oleh sekitar 20 satker di sana untuk mendirikan kantor perwakilan di Kab. Manokwari, agar lebih menghemat baya penginapan selama mengajukan pencairan dana dan rekonsiliasi LK ke KPPN Manokwari. Setelah KPPN Filial Kab. Teluk Wondama yang mulai beroperasi pada tanggal 2 November 2015, diharapkan dapat mempercepat penyerapan anggaran dan pembangunan di Kab. Teluk Wondama.