Pada awal mulanya berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor :303/KMK.01/2004 tanggal 23 Juni 2004 tentang tugas pokok dan fungsi Kanwil Ditjen Perbendaharaan dan KPPN, dibentuk Kanwil XV Direktorat Jenderal Anggaran Manado yang merupakan pemekaran dari Kanwil XI Direktorat Jenderal Anggaran Ambon, dan sekaligus merupakan cikal bakal Kanwil XXVII Ditjen Perbendaharaan Manado saat ini. Pada awal mulanya Kanwil XXVII Ditjen Perbendaharaan Manado menempati lokasi di Jalan 17 Agustus Manado. Pembangunan Gedung Keuangan Negara (GKN) Manado itu sendiri dimulai pada awal tahun 2000 hingga tahun 2005 dan berdiri megah hingga saat ini. Setelah selesainya pembangunan gedung ini, GKN Manado ditempati masing-masing oleh Kanwil XXVII Ditjen Perbendaharaan Manado, KPPN Manado, Kanwil DJKN dan KPKNL. Jumlah personil Kanwil XXVII Ditjen Perbendaharaan Manado pada saat itu adalah sebanyak kurang lebih 60 orang.
Fase Direktorat Jenderal Anggaran (DJA)
Reformasi birokrasi di bidang keuangan negara lahir enam tahun setelah orde reformasi berdiri, dan telah mengalami sejarah panjang lebih dari satu dekade. Reformasi itu tidak akan pernah berhenti, tapi akan terus mengalami perubahan sesuai tuntutan zaman. Semuanya dimulai dengan reposisi pemisahan peran antara kementerian/ lembaga yang memiliki kewenangan administrative (administratief beheer) dan Kementerian Keuangan yang memiliki kewenangan komptabel (komptabel beheer), dengan terbitnya Undang-Undang (UU) No 17 Tahun 2003 tentang Keuangan Negara dan UU No 1 Tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara.
Langkah cepat reformasi birokrasi diambil oleh Kementerian Keuangan dengan diterbitkannya Keputusan Menteri Keuangan (KMK) No. 303/ KMK.01/2004 tanggal 23 Juni 2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan dan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara. Pada masanya, fungsi penyusun dan pelaksana anggaran sebelum reformasi birokrasi dilaksanakan oleh satu instansi, yaitu Direktorat Jenderal Anggaran (DJA).
Fase Reformasi Kelembagaan (DJPb)
Lahirnya DJPBN membuat fungsi itu dipisahkan, dengan DJPBN mengambil fungsi pelaksana anggaran, sebagai bentuk mewujudkan pengelolaan keuangan yang profesional, transparan, dan akuntabel, sehingga tercipta tata kelola pemerintahan yang baik. Konsekuensi dari pemisahan fungsi itu adalah pengalihan instansi vertikal DJA menjadi instansi vertikal DJPBN.
Lahirnya Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Sulut tak dapat dipisahkan dari keberadaan Kanwil XV Direktorat Jenderal Anggaran Manado yang merupakan pemekaran dari Kanwil XI Direktorat Jenderal Anggaran Ambon yang kemudian berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan (KMK) No. 303/ KMK.01/2004 tanggal 23 Juni 2004 yang sekaligus merupakan cikal bakal Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Sulawesi Utara. Kanwil Ditjen Perbendahraan awalnya menempati Gedung Kantor yang beralamat di Jalan 17 Agustus Manado. Kanwil Ditjen Perbendaharaan kemudian menempati Gedung Keuangan Negara pada tahun 2008 hingga sekarang.
