Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan merupakan Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan (DJPb) yang berada di bawah dan bertanggungjawab langsung kepada Direktur Jenderal Perbendaharaan. Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Papua didirikan sebagai salah satu upaya pemerintah untuk meningkatkan kualitas pelaksanaan anggaran di daerah dengan PMK 262/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan. Berkedudukan di Gedung Keuangan Negara Jayapura Lantai 6, Jalan Ahmad Yani No. 8, Gurabesi, Jayapura, Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Papua bertujuan untuk memberikan bimbingan dan dukungan implementasi akuntansi pemerintah pada Kementerian Negara/Lembaga. Melalui peran Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Papua diharapkan kualitas laporan K/L termasuk didalamnya kualitas laporan Barang Milik Negara dapat ditingkatkan kualitasnya yang pada akhirnya Laporan Keuangan Pemerintah Pusat dapat disajikan dengan akuntabel, akurat dan transparan.
Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan (Kanwil DJPb) merupakan Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Direktur Jenderal Perbendaharaan. Sesuai Peraturan Menteri Keuangan No. 262/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, Kanwil DJPb mempunyai tugas melaksanakan koordinasi, pembinaan, supervisi, asistensi, bimbingan teknis, dukungan teknis, monitoring, evaluasi, analisis, kajian, penyusunan laporan, dan pertanggungjawaban di bidang perbendaharaan berdasarkan peraturan perundang-undangan. Sebagai instansi pemerintahan, Kanwil DJPb Provinsi Papua menerapkan prinsip good governance dalam melaksanakan tugas-tugasnya tersebut secara prudent, transparan, akuntabel, efektif, dan efisien sebagaimana dimaksud dalam Undang-Undang Nomor 28 Tahun 1999 tentang Penyelenggaraan Negara yang Bersih dan Bebas Korupsi, Kolusi, dan Nepotisme.
Kanwil DJPb Provinsi Papua memiliki wilayah kerja di Provinsi Papua dan membawahi 7 (tujuh) Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN), yaitu: KPPN Jayapura, KPPN Merauke, KPPN Biak, KPPN Serui, KPPN Nabire, KPPN Timika, dan KPPN Wamena.
Selain menjalankan tugas sebagai Treasurer, Regional Economist, dan Financial Advisor, berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 406 Tahun 2023, Kanwil DJPb Provinsi Papua mendapatkan tugas baru sebagai Sekretariat Badan Pengarah Papua (BPP). Badan ini dibentuk berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 121 tahun 2022 tentang Badan Pengarah Percepatan Pembangunan Otonomi Khusus Papua yang merupakan tindak lanjut dari Undang-Undang Nomor 2 Tahun 2021 tentang Perubahan Kedua atas Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus bagi Provinsi Papua. Sekretariat BPP berkedudukan di Gedung Keuangan Negara Jayapura Lantai 4 dan 5. Kepala Kanwil DJPb Provinsi Papua bertugas sebagai Kepala Sekretariat BPP Jayapura.