Dalam rangka mencapai Visi dan Misi yang diterjemahkan lebih detil dalam destination statement (road map), suatu organisasi harus mampu memformulasikan strategi organisasi. Strategi organisasi disusun berdasarkan analisis lingkungan eksternal dan internal.

Tools yang digunakan untuk melakukan analisis lingkungan eksternal dapat berupa analisa STEP. Organisasi harus mampu mengidentifikasi isu eksternal yang mempengaruhi kinerja organisasi atau bahkan keberlangsungan organisasi. Isu tersebut dapat berasal dari faktor politik/hukum, teknologi, lingkungan atau ekonomi, dan sosial budaya.

Tools yang dapat digunakan untuk melakukan analisis baik internal dan eksternal adalah SWOT. Analisis SWOT merupakan suatu teknik untuk mengevaluasi kinerja, persaingan yang dihadapi, risiko serta peluang dari suatu organisasi tersebut, seperti bagian atau devisi. Faktor eksternal dan internal dari analisis SWOT tersebut, dikombinasikan untuk merumuskan strategi organisasi dengan menggunakan pendekatan TOWS serta Internal Evaluation dan External Evaluation.

Dari analisa tersebut, KPPN Balikpapan telah merumuskan Strategi Organisasi Tahun 2024. Strategi organisasi KPPN Balikpapan yang dipilih untuk menghadapi pengaruh internal maupun eksternal berdasarkan matriks TOWS adalah sebagai berikut:
1) Integralisasi sistem layanan berbasis teknologi informasi terpusat yang aman sehingga mitra kerja percaya atas layanan yang diberikan;
2) Memberikan layanan sesuai standar kualitas minimum ke mitra kerja dengan didukung pengembangan inovasi dari KPPN;
3) Memberikan layanan ke stakeholders berbasis teknologi untuk mempermudah proses bisnis pelayanan.