Lahirnya Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Sulut tak dapat dipisahkan dari keberadaan Kanwil XV Direktorat Jenderal Anggaran Manado yang merupakan pemekaran dari Kanwil XI Direktorat Jenderal Anggaran Ambon yang kemudian berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan (KMK) No. 303/ KMK.01/2004 tanggal 23 Juni 2004 yang sekaligus merupakan cikal bakal Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Sulawesi Utara hingga saat ini menempati Lt. 3 Gedung Keuangan Negara Manado.