KPPN Benteng dibentuk berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 442/KMK.01/2001, tanggal 23 Juli 2001 dan mulai efektif beroperasi bulan September 2002. Pembentukan KPPN Benteng merupakan respon Direktorat Jenderal Perbendaharaan untuk meningkatkan pelayanan kepada satuan kerja di wilayah Kabupaten Kepulauan Selayar.
KPPN Benteng sebagai instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan di Sulawesi Selatan yang menjadi lini terdepan dalam pelaksanaan tugas di bidang pelayanan perbendaharaan kepada masyarakat di Kabupaten Kepulauan Selayar. KPPN Benteng membawa Visi dan Misi Direktorat Jenderal Perbendaharaan yang diformulasikan ke dalam Tugas dan Fungsi KPPN.
Selain sebagai ujung tombak pelayanan publik yang menjalankan fungsi sebagai Bendahara Umum Negara di Kabupaten Kepulauan Selayar, keberadaan KPPN Benteng juga diharapkan menjadi salah satu faktor pendorong percepatan proses pembangunan di wilayah Kabupaten Kepulauan Selayar.
Saat pertama kali beroperasi, KPPN Benteng menggunakan fasilitas gedung yang dipinjamkan oleh Pemerintah Daerah Kabupaten Kepulauan Selayar yaitu eks Kantor Samsat Benteng yang terletak di jalan Siswomiharjo, Benteng. Kantor tersebut cukup sempit dan tidak memadai untuk mendukung pelaksanaan tugas pelayanan kepada masyarakat. Pada tahun 2003, seiring dengan selesainya pembangunan gedung KPPN di Jalan D.I Panjaitan, kegiatan operasional kantor dipindahkan ke gedung baru terhitung mulai tahun 2003, dan diresmikan penggunaannya oleh Bapak Drs.Siswo Sujanto, DEA yang pada saat itu menjabat sebagai Sekretaris Direktorat Jenderal Perbendaharaan pada tanggal 14 Maret 2006. Pada awal pembukaan, pegawai yang ditempatkan di KPPN Benteng berjumlah 19 pegawai, dan secara bertahap ditambah tenaga baru lulusan Prodip hingga mencapai 25 pegawai di tahun 2006.
