Sesuai dengan Keputusan Direktur Jenderal Perbendaharan Nomor : KEP-18/PB/2008 tanggal 25 Januari 2008 tentang Penetapan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Percontohan Tahap II di Lingkungan Ditjen Perbendaharaan, KPPN Pekanbaru ditetapkan sebagai Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Percontohan Tahap II. Selanjutnya pada tanggal 4 Februari 2008, KPPN Pekanbaru diresmikan oleh Sekretaris Ditjen Perbendaharaan pada saat itu Bapak Siswo Sujanto, DEA.
KPPN Pekanbaru beralamat di Jalan Jenderal Sudirman No.249, Pekanbaru Secara geografis kota Pekanbaru memiliki posisi strategis berada pada jalur lintas timur Sumatera, terhubung dengan beberapa kota seperti Medan, Padang dan Jambi. Kota ini dibelah oleh sungai Siak yang mengalir dari barat ke timur dan berada pada ketinggian berkisar antara 5 - 50 meter di atas permukaan laut. Kota ini termasuk beriklim tropis dengan suhu udara maksimum berkisar antara 34.1 °C hingga 35.6 °C, dan suhu minimum antara 20.2 °C hingga 23.0 °C Kata pekan dalam bahasa Melayu dapat berarti pasar, sehingga pekanbaru bermakna sebuah pasar baru.
Perkembangan kota ini pada awalnya tidak lepas dari pengaruh fungsi sungai Siak sebagai sarana transportasi dalam mendistribusikan hasil bumi dari kawasan daratan tinggi Sumatera. Beberapa sejarahwan percaya Sriwijaya awalnya berpusat di sekitar Candi Muara Takus dan kemungkinan kawasan yang berada pada sehiliran aliran sungai Siak telah menjadi salah satu pelabuhan dari kerajaan Sriwijaya. Sebuah ekspedisi militer Portugis pada tahun 1514 dikirim menelusuri sungai Siak dengan tujuan menemui dan memastikan lokasi dari kerajaan ini Kota ini mulai menjadi pemukiman pada masa kesultanan Siak Sri Indrapura, yaitu pada era kekuasaan Sultan Abdul Jalil Alamudin Syah, yang kemudian diteruskan oleh putranya Raja Muda Muhammad Ali. Selanjutnya, pada tanggal 23 Juni 1784, berdasarkan musyawarah datuk-datuk empat suku (Pesisir, Lima Puluh, Tanah Datar, dan Kampar), kawasan ini dinamai dengan Pekanbaru. Berdasarkan SK Kerajaan, yaitu Besluit van Her Inlanche Zelf Destuur van Siak No.1 tanggal 19 Oktober 1919, Pekanbaru menjadi bagian dari Kesultanan Siak dengan sebutan distrik
