Sebagai Organisasi vertikal dibawah Direktorat Jenderal Perbendaharaan dan bertanggung jawab kepada Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Riau, KPPN Pekanbaru terdiri dari

1. Sub Bagian Umum

Subbagian Umum mempunyai tugas melakukan pengelolaan organisasi, kinerja, SDM, dan keuangan, penatausahaan user SPAN, penyusunan bahan masukan dan konsep Renstra, Renja, RKT, PK, LAKIP KPPN, penerbitan dan pengiriman SPM DBH PBB serta tata usaha, rumah tangga dan kehumasan.

2. Seksi Pencairan Dana

Seksi Pencairan Dana mempunyai tugas melakukan pengujian resume tagihan dan SPM, penerbitan SP2D, penerbitan Surat Pengesahan Pendapatan dan Belanja BLU, penerbitan Surat Pengesahan atas Ralat SPM dari satuan kerja dan Nota Dinas Kesalahan dan Perbaikan SP2D Hasil Verifikasi pada KPPN, dan pengelolaan data kontrak, data supplier, dan belanja pegawai satker, serta monitoring dan evaluasi penyerapan anggaran satker

3. Seksi Manajemen Satker dan Kepatuhan Internal

Seksi Manajemen Satker dan Kepatuhan Internal mempunyai tugas melakukan pembinaan dan bimbingan teknis pengelolaan perbendaharaan, fungsi customer service, supervisi teknis SPAN dan helpdesk SAKTI, pemantauan standar kualitas layanan KPPN dan penyediaan layanan perbendaharaan, pemantauan pengendalian intern, pengelolaan risiko, kepatuhan terhadap kode etik dan disiplin, dan tindak lanjut hasil pengawasan, serta perumusan rekomendasi perbaikan proses bisnis

4. Seksi Bank

Seksi Bank mempunyai tugas melakukan penyelesaian transaksi pencairan dana, fungsi cash management, penerbitan Daftar Tagihan, pengelolaan rekening Kuasa BUN dan Bendahara serta penatausahaan penerimaan negara.

5. Seksi Verifikasi dan Akuntansi

Seksi Verifikasi dan Akuntansi mempunyai tugas melakukan verifikasi pembayaran, rekonsiliasi laporan akuntansi, penyusunan Laporan Keuangan tingkat Kuasa BUN, pelaporan realisasi dan analisis kinerja anggaran serta analisis data statistik laporan keuangan.

6. Jabatan Fungsional Pembina Teknis Perbendaharaan Negara

Jabatan Fungsional Pembina Teknis Perbendaharaan Negara adalah jabatan yang mempunyai ruang lingkup, tugas, tanggung jawab, wewenang, dan hak untuk melakukan pembinaan/bimbingan teknis di bidang perbendaharaan negara sesuai kewenangan dan peraturan perundang-undangan.

7. Jabatan Fungsional Pranata Keuangan APBN

Jabatan Fungsional Pranata Keuangan APBN bertugas melaksanakan kegiatan pengelolaan keuangan APBN yang meliputi: (a) perikatan dan penyelesaian tagihan; (b) pelaksanaan perintah pembayaran; (c) kebendaharaan; (d) pengelolaan administrasi belanja pegawai; dan (e) penyiapan analisis laporan keuangan instansi.