Dalam rangka mendukung pencapaian target Indikator Kinerja Utama (IKU), organisasi di lingkungan Kementerian Keuangan dapat menyusun berbagai kegiatan inovatif dan terobosan yang bersifat strategis. Kegiatan-kegiatan tersebut dirumuskan dalam bentuk Inisiatif Strategis (IS) yang berfungsi sebagai upaya percepatan, optimalisasi, serta solusi atas tantangan dalam pelaksanaan program kerja dan pencapaian target kinerja. Hal ini sejalan dengan amanat yang tertuang dalam Keputusan Menteri Keuangan Nomor 300/KMK.01/2022 tentang Manajemen Kinerja di Lingkungan Kementerian Keuangan, yang mengatur bahwa organisasi wajib mengidentifikasi, merumuskan, dan melaksanakan Inisiatif Strategis sebagai bagian dari manajemen kinerja.

Dalam rangka meningkatkan kualitas pelayanan kepada stakeholder, KPPN Tarakan memiliki 18 inovasi unggulan yang dikembangan secara mandiri oleh pegawai KPPN Tarakan, inovasi tersebut terdiri dari inovasi internal yang hanya digunakan oleg pegawai dan inovasi eksternal yang digunakan langsung oleh stakeholder, inovasi tersebut dirinci sebagai berikut: