Selain melaksanakan tugas utama sebagai treasury dan tugas baru sebagai Regional Chief Economist (RCE) dan Financial Advisor (FA), Direktorat Jenderal Perbendaharaan (DJPb) juga melaksanakan tugas special mission. Pelaksanaan tugas ini terdiri dari manajemen investasi, pembinaan pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum (BLU), dan pemberdayaan Usaha Mikro Kecil Menengah (UMKM). Saat ini, tugas special mission tersebut dilaksanakan oleh Direktorat Sistem Manajemen Investasi (SMI), Direktorat Pembinaan Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (PPK BLU), serta BLU Pusat Investasi Pemerintah (PIP), Badan Pengelola Dana Perkebunan Kelapa Sawit (BPDPKS), dan Badan Pengelola Dana Lingkungan Hidup (BPDLH).