Pada tahun 2018 KPPN Magelang mendapatkan alokasi anggaran untuk Dana Desa sebesar Rp538.403.443.000 yang didistribusikan kepada dua pemerintah daerah, yaitu Pemda Kabupaten Magelang sebesar Rp325.360.832.000 untuk 367 desa dan Pemda Kabupaten Temanggung sebesar Rp213.042.611.000 untuk 266 desa. Sampai dengan bulan November 2018, KPPN Magelang telah selesai menyalurkan Dana Desa seluruhnya melalui tiga tahap.