Kppn makassar II menyalurkan Dak Fisik sejak Tahun 2017 untuk wilayah Provinsi Sulawesi Selatan, Kab Gowa, dan Kab Takalar. Selain itu KPPN Makassar II juga menyalurkan Dana Desa kepada 120 Desa di Kabupaten Gowa dan 71 Desa di Kabupaten Takalar. KPPN Makassar II juga ditunjuk untuk menyalurkan Dana BOS lepada lebih dari 14.000 (Empat Belas Ribu) sekolah di seluruh wilayah Provinsi Sulawesi Selatan
Dalam rangka percepatan pembangunan daerah dan pencapaian sasaran prioritas nasional, Pemerintah mengalokasikan Dana Alokasi Khusus (DAK) Fisik, Dana Desa dan Dana Bantuan Operasional Sekolah dalam Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN). DAK Fisik merupakan dana yang bersumber dari Pendapatan APBN, yang dialokasikan kepada daerah tertentu untuk membantu mendanai kegiatan khusus fisik yang merupakan urusan daerah dan sesuai dengan prioritas nasional. Sedangkan Dana Desa merupakan dana yang dialokasikan dalam APBN yang diperuntukkan bagi Desa yang ditransfer melalui APBD kabupaten/kota dan digunakan untuk membiayai penyelenggaraan pemerintahan, pelaksanaan pembangunan, pembinaan kemasyarakatan, dan pemberdayaan masyarakat.
Penyaluran DAK Fisik dan Dana Desa melalui KPPN merupakan amanat dalam Peraturan Menteri Keuangan Nomor 130/PMK.07/2019 tentang Pengelolaan Dana Alokasi Khusus dan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 205/PMK.07/2019 tentang Pengelolaan Dana Desa Kebijakan Transfer ke Daerah dan Dana Desa (TKDD) yang difokuskan untuk mendukung akselerasi peningkatan SDM, infrastruktur, dan daya saing daerah. Untuk mendukung hal tersebut, mulai penyaluran TKDD Tahun Anggaran (TA) 2020 telah didesain berbasis kinerja dan dilakukan percepatan dengan transfer langsung sesuai ketentuan perundangan untuk mempercepat pemanfaatan dana dan pencapaian output/outcome, menghindari dana idle, memperkuat sinergi, baik antar Kementerian/Lembaga maupun antara Pusat dan Daerah, dengan tetap menjaga tata kelola dan akuntabilitas.
Terdapat perubahan fundamental pada kebijakan penyaluran Dana Desa. Mulai tahun 2020, Dana Desa akan diterima langsung oleh Desa karena penyaluran Dana Desa dari RKUN ke Rekening Kas Umum Daerah (RKUD) dan dari RKUD ke Rekening Kas Desa dilakukan bersamaan dan semua transaksi penyaluran dilakukan oleh KPPN setempat dengan persyaratan yang lebih sederhana. Melalui mekanisme ini, Dana Desa akan lebih cepat diterima desa dan tanpa menunggu semua desa siap salur. Namun, Pemerintah Daerah tetap memiliki peran penting yakni dalam verifikasi dokumen penyaluran yang dibuat oleh desa.
Selain DAK Fisik dan Dana Desa, Mulai tahun anggaran 2020, KPPN Makassar II juga mendapatkan amanah menyalurkan Dana Alokasi Khusus Non Fisik yaitu Dana Bantuan Operasional Sekolah (Dana BOS) untuk sekolah-sekolah di wilayah Provinsi Sulawesi Selatan. Dana BOS adalah dana yang digunakan terutama untuk mendanai belanja nonpersonalia bagi satuan pendidikan dasar dan menengah sebagai pelaksana program wajib belajar dan dapat dimungkinkan untuk mendanai beberapa kegiatan lain sesuai dengan ketentuan perundang-undangan. Penyaluran Dana BOS melalui KPPN adalah amanah dari Peraturan Menteri Keuangan Nomor 9/PMK.07/2020 tentang Perubahan Atas Peraturan Menteri Keuangan Nomor 48/PMK.07/2019 tentang Pengelolaan Dana Alokasi Khusus Nonfisik.
