KPPN Sinjai berdiri pada tanggal 3 April tahun 2006 berdasarkan surat Sekretaris Ditjen Perbendaharaan Nomor S-1947 Pada tanggal 17 Maret 2006 hal Operasional KPPN Mamuju dan KPPN Sinjai dan surat Kepala Kantor Wilayah XXIII Ditjen Perbendaharaan Makassar No. S-474/WPB.23/BG.0101/2006 tanggal 27 Maret 2006 hal pembukaan KPPN Mamuju dan KPPN Sinjai. KPPN Sinjai berdomisili di KPPN Bantaeng selama 2 Minggu dari tanggal 3 April s.d. Tanggal 16 April 2006. Tanggal 17 April 2006 pindah ke Kantor Pemda Eks. Rumah sakit dan eks. Bawasda yang terletak di jalan Persatuan Raya No. 104 Sinjai sampai sekarang.

Jumlah Pegawai Detasering KPPN Sinjai pada saat terbentuk yaitu 15 orang (termasuk Kepala Kantor) berlangsung selama 3 bulan. Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Sinjai adalah KPPN Tipe B, dengan struktur organiasi yaitu Subbagian Umum, Seksi Perbendaharaan, Seksi Bendahara Umum, dan  Seksi Verifikasi dan Akuntansi.