Dana yang dikucurkan pemerintah melalui APBN (Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara) untuk pembangunan di Maluku Utara terbilang besar. Untuk tahun 2018, APBN untuk Maluku Utara mencapai Rp15,09 triliun yang terdiri atas belanja pemerintah pusat (Rp5,09 triliun) serta transfer ke daerah dan dana desa (Rp10 triliun). Jumlah tersebut lebih tinggi dibanding alokasi tahun 2017 yang sebesar Rp14,44 triliun.