Sesuai dengan PMK Nomor 262/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Direktorat Jenderal Perbendaharaan mempunyai instansi vertikal berupa:

Kantor Wilayah
Kantor Wilayah mempunyai tugas melaksanakan koordinasi, pembinaan, supervisi, asistensi, bimbingan teknis, dukungan teknis, monitoring, evaluasi, analisis, kajian, penyusunan laporan, dan pertanggungjawaban di bidang perbendaharaan berdasarkan peraturan perundang-undangan.

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana tersebut di atas, Kantor Wilayah menyelenggarakan fungsi sebagai berikut:

a. Penelaahan dan pengesahan atas revisi dokumen pelaksanaan anggaran;
b. Pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi atas pelaksanaan anggaran;
c. Penyusunan reviu belanja pemerintah (spending review) dan reviu pelaksanaan anggaran;
d. Pembinaan teknis sistem akuntansi;
e. Pelaksanaan monitoring dan evaluasi dana transfer;
f. Pelaksanaan akuntansi dan penyusunan laporan keuangan pemerintah;
g. Pembinaan dan bimbingan teknis pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum (BLU);
h. Pelaksanaan monitoring dan evaluasi Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP);
i. Pembinaan dan monitoring atas investasi pemerintah, pinjaman, dan kredit program di daerah;
j. Pelaksanaan dukungan penyelenggaraan sertifikasi bendahara;
k. Pelaksanaan layanan bersama Kementerian Keuangan di daerah;
l. Pemberian pembinaan terkait dengan kewenangan dan pelaksanaan teknis perbendaharaan serta Bendahara Umum Negara (BUN);
m. Pelaksanaan manajemen mutu layanan dan koordinasi inovasi layanan;
n. Pelaksanaan manajemen hubungan pengguna layanan (customer relationship management);
o. Pelaksanaan kehumasan dan layanan Keterbukaan Informasi Publik (KIP);
p. Pelaksanaan konsolidasi data Perhitungan Pihak Ketiga (PFK);
q. Pelaksanaan sistem akuntabilitas dan kinerja;
r. Pelaksanaan kepatuhan internal; dan
s. Pelaksanaan administrasi Kantor Wilayah.