Sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 262/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Pekalongan merupakan KPPN Tipe A1 yang berada di bawah Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Jawa Tengah.
Sebagai salah satu KPPN Tipe A1, struktur organisasi KPPN Pekalongan terdiri dari Kepala Kantor (Pejabat Administrator/Eselon III.a), Kasubbag/Kepala Seksi dan Pelaksana.
Struktur Organisasi KPPN Pekalongan terdiri atas :
    1. Kepala Kantor (Pejabat Administrator/Eselon III.a)
    2. Subbagian Umum (dipimpin oleh Pejabat Pengawas/Eselon IV.a)
    3. Seksi Pencairan Dana (dipimpin oleh Pejabat Pengawas/Eselon IV.a)
    4. Seksi Manajemen Satker dan Kepatuhan Internal (dipimpin oleh Pejabat Pengawas/Eselon IV.a)
    5. Seksi Bank (dipimpin oleh Pejabat Pengawas/Eselon IV.a)
    6. Seksi Verifikasi dan Akuntansi (dipimpin oleh Pejabat Pengawas/Eselon IV.a)
    7. Pejabat Fungsional
    8. Pelaksana