Sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor  262/PMK.01/2016  tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Pekalongan merupakan KPPN Tipe A1 di bawah Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Jawa Tengah.

Sebagai salah satu KPPN Tipe A1, KPPN Pekalongan dipimpin oleh Kepala Kantor (Pejabat Administrator/Eselon III.a) dan terdiri atas :

1. Subbagian Umum (dipimpin oleh Pejabat Pengawas/Eselon IV.a)
2. Seksi Pencairan Dana (dipimpin oleh Pejabat Pengawas/Eselon IV.a)
3. Seksi Manajemen Satker dan Kepatuhan Internal (dipimpin oleh Pejabat Pengawas/Eselon IV.a)
4. Seksi Bank (dipimpin oleh Pejabat Pengawas/Eselon IV.a)
5. Seksi Verifikasi dan Akuntansi (dipimpin oleh Pejabat Pengawas/Eselon IV.a)
6. Pejabat Fungsional 
7. Pelaksana