Wilayah kerja KPPN Bitung meliputi Kota Bitung, Kabupaten Minahasa Utara, dan Kabupaten Kepulauan Talaud. Dari tiga wilayah Kabupaten/Kota yang masuk ke dalam wilayah kerja KPPN Bitung tersebut, Kabupaten Kepulauan Talaud merupakan yang paling jauh dari KPPN Bitung.