KPPN Ternate dengan beragam inovasi yang dikembangkan berhasil mendapatkan beragam penghargaan pada tahun 2018 dan 2019. Berbagai penghargaan tersebut seperti Kantor Berpredikat Wilayah Bebas Korupsi (WBK) dari Kemenpan-RB Tahun 2018 dan Sertifikat ISO 9001:2015 dari TuV Rheinland. Tahun 2019 mendapatkan penghargaan Kantor Berpredikat Wiilayah Bersih dan Bebas Melayani (WBBM) dari Kemenpan-RB.
Gambar 1. Sertifikat ISO 9001:2015 dari TuV Rheinland
Gambar 2. Piagam WBK dari Kemenpan-RB 2018
Gambar 3. Piagam WBBM dari Kemenpan-RB 2019