KPPN Barabai merupakan Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Kalimantan Selatan.

Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 262/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, KPPN Barabai merupakan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Tipe A1, yang dipimpin oleh seorang Kepala Kantor (Pejabat Administrator / pejabat eselon III.a), dan terdiri atas:

1. Subbagian Umum (dipimpin oleh Pejabat Pengawas / Eselon IV.a).

2. Seksi Pencairan Dana (dipimpin oleh Pejabat Pengawas / Eselon IV.a).

3. Seksi Manajemen Satker dan Kepatuhan Internal (dipimpin oleh Pejabat Pengawas / Eselon IV.a).

4. Seksi Bank (dipimpin oleh Pejabat Pengawas / Eselon IV.a).

5. Seksi Verifikasi dan Akuntansi (dipimpin oleh Pejabat Pengawas / Eselon IV.a).

6. Kelompok jabatan fungsional.

Di KPPN Barabai, jabatan fungsional yang ada adalah Pembina Teknis Perbendaharaan Negara (PTPN)

Struktur Organisasi KPPN Barabai