Sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 262/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Tapaktuan merupakan KPPN Tipe A2 di bawah Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Aceh.

Sebagai salah satu KPPN Tipe A2, KPPN Tapaktuan dipimpin oleh Kepala Kantor (Pejabat Administrator/Eselon III.a) dan terdiri atas :

1. Subbagian Umum (dipimpin oleh Pejabat Pengawas/Eselon IV.a)
2. Seksi Pencairan Dana & Manajemen Satker (dipimpin oleh Pejabat Pengawas/Eselon IV.a)
3. Seksi Verifikasi, Akuntansi dan Kepatuhan Internal (dipimpin oleh Pejabat Pengawas/Eselon IV.a)
4. Seksi Bank (dipimpin oleh Pejabat Pengawas/Eselon IV.a)
5. Kelompok Jabatan Fungsional:
   1. Pembina Teknis Perbendaharaan Negara (PTPN)
   2. Pranata Keuangan APBN (PK-APBN)

Adapun Struktur Organisasi KPPN Tapaktuan posisi Mei 2024 adalah sebagai berikut :