Berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 139 Tahun 2024 tentang Penataan Tugas dan Fungsi Kementerian Negara Kabinet Merah Putih Periode Tahun 2024 – 2029, terdapat enam satuan kerja lingkup KPPN Bekasi yang mengalami perubahan bagian anggaran dan kode satker sebagai dampak penataan tugas dan fungsi tersebut, yaitu Kantor Imigrasi Kelas I Non TPI Bekasi, LAPAS Kelas II A Bekasi, BAPAS Kelas II Bekasi, LAPAS Kelas II A Cikarang, Balai Teknik Irigasi, dan Balai Teknik Air Minum.

Perubahan tersebut berdampak pada Modul Persediaan, Modul Aset, dan Modul GL Pelaporan pada satker-satker tersebut. KPPN Bekasi mengadakan kegiatan pendampingan penyusunan laporan keuangan bagi satuan kerja yang terdampak penataan tugas dan fungsi Kabinet Merah Putih, pada hari Jumat tanggal 13 Juni 2025. Kegiatan pendampingan tersebut berfokus pada penyelesaian pelaksanaan rekonsiliasi eksternal, penyelesaian To Do List, dan penerbitan Surat Hasil Rekonsiliasi (SHR) pada satker yang terdampak. Diharapkan dengan kegiatan ini, proses transisi dari satker lama ke satker baru dapat berjalan dengan baik dan laporan pertanggungjawabannya disajikan dengan akurat, transparan, dan akuntabel.