Berdasarkan Nota Dinas Direktur Jenderal Perbendaharaan Nomor ND-40/PB/2021 tanggal 28 Januari 2021, KPPN Makassar II ditetapkan sebagai salah satu unit kerja Direktorat Jenderal Perbendaharaan yang Mengikuti Penilaian Unit Kerja Berpredikat Wilayah Birokrasi Bersih dan Melayani (WBBM) di Tingkat Nasional Tahun 2021.  Hal ini menyusuli prestasi KPPN Makassar II yang sebelumnya telah ditetapkan sebagai Unit Kerja Berpredikat Wilayah Bebas dari Korupsi pada tahun 2019. Penghargaan sebagai unit berpredikat WBK ini diberikan dan ditetapkan oleh Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Birokrasi pada tanggal 9 Desember 2019 bertepatan dengan Hari Anti Korupsi Sedunia.

KPPN Makassar II sampai dengan tanggal 11 Februari 2021 telah menyalurkan Dana Desa untuk Kabupaten Takalar dan Kabupaten Gowa masing-masing sebesar Rp2,05 miliar dan Rp3 miliar.  Penyaluran dilakukan melalui Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D) yang langsung dipindahbukukan ke Rekening Kas Desa.

Inovasi WARKOPTA merupakan salah satu Inovasi dari KPPN Makassar II yang dibuat dengan tujuan memberikan pembinaan terhadap satuan kerja (Satker) dan mengurangi tingkat kesalahan Satker dalam pengajuan SPM, Supplier, data kontrak dan retur SPM. Inovasi ini telah mulai diterapkan di KPPN Makassar II sejak Juli 2019, sejalan dengan tujuannya, kepanjangan dari singkatan WARKOPTA adalah (Workshop Aplikasi, Retur, KOntrak dan Penyampaian Tagihan).

Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Makassar II telah menyalurkan anggaran Dana Desa tahap I Tahun 2021 di Kabupaten Gowa, khususnya di Desa Julubori. Penyaluran ditandai dengan terbitnya Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D) tertanggal 29 Januari 2021, sebesar Rp413.247.200,00 dari total Pagu sebesar Rp. 1.205.618.000,00.

KPPN Makassar II telah memperoleh penghargaan berupa Predikat WBK (Wilayah Bebas Korupsi) oleh Kementerian PAN RB sejak bulan Desember 2019. Penyerahan penghargaan Predikat WBK diserahkan secara langsung oleh Menteri PAN RB Tjahjo Kumolo.