Sejarah    awal    terbentuknya   KPPN    Manokwari    dimulai    pada  Pembentukan    Kantor Bendahara  Negara (KBN) di  Irian Barat, serta Kantor Iuran  Pembangunan Daerah  (IPEDA) dan Kantor Akuntan Negara  (KAN) di Jayapura.  Dengan masuknya wilayah Irian  Barat ke wilayah Republik  Indonesia  pasca-PEPERA  (Penentuan  Pendapat  Rakyat) dan  untuk  memperlancar pengurusan Keuangan Negara pada Irian Barat, dibentuk Kantor  Bendahara Negara Kelas  B di Djajapura  dan  Kantor Bendahara Negara  Kelas  E  di  Biak,  Manokwari, Sorong, Fakfak,  dan Merauke yang berada  di  bawah Direktorat  Djenderal  Anggaran  c.q Direktur  Perbendaharaan Negara melalui  Surat  Keputusan Menteri  KEP-571/MK/6/7/1971 tanggal  29  Djuli  1971   KEP-627/MK/6/8/1971    tanggal     8     Agustus    1971.      Kantor    Bendahara    Negara     bertugas menyelenggarakan pembayaran atas  beban negara serta penerbitan  surat penagihan  terhadap piutang negara.